藏密各派，最先建立政教合一制度的是萨迦派。萨迦派地方政权从公元1272年建立起，至1349年为止，共统治西藏七十余年。

　　西藏密宗后弘期开始后，一些密教的祖师，因为学识和声望，受到地方首领和群众的信奉，信徒捐献了大量的田地、人户、牲畜、财物作为供养，成为寺院的寺属庄园（亦译香火庄）。这使得一部分教派的主要寺院逐渐成为拥有土地、牲畜、农牧民户等生产资料的领主。随着寺庙的经济的发展，担任寺主的喇嘛祖师的亲属、以及为他们办事的人员，演变成贵族、行政官员，在贵族和行政官员之下，出现了——协本（管理庄园属民的人员)、仲译（文书)、涅巴（管事）等低一级的官吏。在多数情况下，这些寺属庄园，还自行建立了法庭、监狱、不脱离生产的地方军队等，以适应管理地方政务的需要。寺属庄园，把——“宗教首领”和“地方官员”的职能结合起来，成为“政教合一”势力。由于吐蕃王朝已经土崩瓦解，西藏没有一个统一的政府进行管理，这些逐渐发展起来的寺属庄园，各自为政，形成了以寺院为中心的星罗棋布的大小“独立王国”。这些“独立王国”在相互吞并发展中，逐渐形成几个大的宗派，如萨迦派、噶玛噶举派、帕竹噶举派、止贡噶举派、蔡巴噶举派等，由于这几派的势力相差不大，哪一派也没有统一西藏的能力。

　　公元12世纪末叶，蒙古成吉思汗的军事力量兴起，用武力征服了祖国北方的许多地区，并逐渐攻取了西夏的境土。西藏的密教各派，纷纷归顺蒙古，于是西藏加入祖国的大家庭中。公元1253年忽必烈召见萨迦派的第五祖八思巴，两人建立了很好的私人交情。

　　八思巴是萨迦派第四祖萨迦班智达的弟弟——桑察•索南坚赞的儿子。为了繁衍后代继承祖业，索南坚赞先后娶了五位妻子，八思巴是他的长子，生于公元1235年，据说年幼时就很聪明，萨迦班智达死后，八思巴成为萨迦寺的法台，成为萨迦派的第五祖。

　　1260年，蒙古皇帝蒙哥汗去世，皇族的阿里不哥和忽必烈争夺皇位，最终忽必烈登上了皇帝位。由于萨迦派一直支持忽必烈，于是忽必烈继位后，封八思巴为国师。1264年（至元元年），元世祖忽必烈命八思巴监管总制院，掌管全国的佛教事务，并兼管西藏的地方政务。于是，密宗萨迦派在元朝政府的支持下，在西藏建立了政教合一地方政权，八思巴也成为元朝中央政权下的一名高级官员。对此，藏密各派虽不以为然，但是因为惧怕蒙古的势力，也不得不在表面上表示臣服。1270年，八思巴被封为“帝师”，赐号“大宝法王”。

　　据《新红史》等藏文史料记载：公元1280年，八思巴的大侍从和本钦贡噶桑波（本钦，协助八思巴管理政务的长官）因为争权不和，侍从一再挑拨八思巴和本钦之间关系，甚至假冒八思巴的名义向元朝皇帝忽必烈奏报本钦的罪过，于是忽必烈派军队来藏查办。当军队快要到西藏时，侍从害怕自己的谎言会被揭穿，于是在八思巴的饭食中下毒，八思巴中毒而死，终年46岁。

　　八思巴去世以后，由他的侄子达玛巴拉执掌政权。此后，发生了“止贡寺庙之乱”，这是萨迦派统治西藏期间发生的最大一次战乱，也是西藏历史上一次著名事变。萨迦派与止贡噶举派产生矛盾的主要原因是：在元朝统一西藏时，密教的各派中止贡派的势力最大；但是，止贡派在蒙古皇室中寻求靠山时，却找错了人。萨迦派在元朝皇帝忽必烈的支持下，成为西藏最大的教派，凌驾于教派之上。但是，止贡噶举派并不甘心处于被管理者的地位。据《汉藏史集》的记载：公元1285年，萨迦派与止贡噶举派因为矛盾，引发冲突，双方互有伤亡。1290年，元朝皇帝忽必烈出兵协助萨迦派攻打止贡派，将止贡替寺的大殿纵火烧毁，僧俗被杀的人数总计达一万余人。止贡派的许多属民和领地被萨迦派占有。止贡噶举派被后，止贡寺的主要喇嘛逃到工布住了三年。后来忽必烈为了平息萨迦派和止贡派之间的冲突，赐给止贡派大量物品作为补偿，将西藏的一个万户府的民户赐止贡派管理，并下令修复止贡寺。

　　达玛巴拉死后，他的弟弟桑波贝出任萨迦派的掌门。桑波贝前后共娶了七个妻子，桑波贝死后，桑波贝与不同的妻子所生的四个儿子，分别统治四个地区，由于势力不相上下，各方都尽力扩大自己的势力和财富，明争暗斗，由此引起整个西藏的动荡不安。

　　元朝中最特殊的一项便是放纵西藏的喇嘛，史书中称之为“西僧”“番僧”。这些以慈悲为怀，普渡众生的所谓“活佛”，却是人民的灾难之一。元朝，西藏密宗和元朝中央政府的关系极为密切，自八思巴于1270年受封帝师起，直至元朝灭亡，元代历朝皇帝都封有帝师。在藏汉文史藉中提及的帝师就有10余人。元代帝师地位崇高，百官上朝，排班列队，而帝师得在皇帝座位的边隅，设有专座，朝廷对帝师的敬礼和尊信，无所不用其极，“虽帝后妃主，皆因受戒而为之膜拜”。除八思巴以外，任帝师的有：

　　1、仁钦坚赞（旧译亦邻真，公元1238～1279年），八思巴异母弟，1276～1279年任元世祖忽必烈的帝师。

　　2、达玛巴拉（旧译答儿麻八刺刺吉塔，1268～1287年），八思巴弟恰那多吉之子，1281～1286年任元世祖忽必烈的帝师。

　　3、意希仁钦（旧译亦摄思连真，1249～1295年），八思巴，1286～1291年任元世祖忽必烈的帝师。

　　4、扎巴俄色（旧译乞刺斯八斡节儿，1246～1303年），八思巴侍从，1291～1303年任元世祖忽必烈、元成宗完泽笃的帝师。

　　5、仁钦坚赞（旧译辇真监藏，1257～1305年），第四任帝师意希仁钦之弟，1303～1305年任元成宗完泽笃的帝师。

　　6、桑结贝（1267～1314年），第五任帝师扎巴俄色之侄，曾任萨迦寺住持，1305～1314年任元成宗完泽笃、元武宗曲律、元仁宗普颜笃的帝师。

　　7、贡噶罗追坚赞贝桑布（旧译公哥罗古罗思监藏班藏卜，1299～1327年），八思巴侄孙，1315～1327年任元仁宗普颜笃、元英宗格坚、元泰定帝也孙铁木儿的帝师。

　　9、贡噶雷必迥乃坚赞贝桑布（旧译公哥列思八冲纳思监藏班藏卜，1308～1341年），八思巴侄孙，1328～1329年任元泰定帝也孙铁木儿的帝师。

　　10、仁钦扎西（旧译辇真吃刺失思），1329年起任帝师，《元史•释老传》所列帝师至此为止。藏文史籍未见记载，可能是临时摄理，到1332年卸任。

　　11、贡噶坚赞贝桑布（旧译公哥儿监藏班藏卜，1310～1358年），八思巴侄孙，1333～1358年任元顺帝妥欢帖睦尔的帝师。

　　12、喇钦索南罗追（1332～1362年），八思巴侄曾孙，汉文史籍未见记载，《萨迦世系史》记他曾任帝师。

　　“至治元年（公元1321年）十二月甲子……命帝师公哥罗古罗思监藏班藏卜诣西番受具足戒，赐金千三百五十两、银四千五十两、币帛万匹、钞五十万贯。”

　　至于给大喇嘛“活佛”的滥赏，数目之巨，骇人心目。仅忽必烈对八思巴一人的赏赐，就令当时的大臣感慨：“国家财赋，半入西蕃。”朝廷为帝师的花费，如受戒奉献、佛事开支等，数额既大，名目也很繁多。除帝师外，西藏密宗的喇嘛受到元朝皇室的尊崇不计其数。他们或被皇子、宗王奉为上师，或在朝廷为官，或接受各种封赠。“（帝师）之号司空、司徒、国公，佩金玉印章者，前后相望”。元朝大德年间，藏地每年平均有千名僧人来内地，其中除一些奉召为帝王宗室做佛事外，不少人是来中原和江南贩运货物求财的。他们往返的巨额费用不仅元政府要“报销”，连交通工具都是元朝政府全程提供。由于贩运货物数目巨大，每年都累死驿马无数。为此，元朝的汉臣痛心疾首地讲：“佛以清净为本，而僧徒贪慕货利，一事所需，金帛无算。生民脂膏，纵其所欲。（此辈）又复畜养妻子，行不修法，适足以亵慢天神。比来佛事愈烦，累朝享国不永。”

　　元朝皇帝极度尊崇喇嘛教，如元成宗完泽笃时，宣政院曾经草拟圣旨：“凡民殴西僧者，截其手；詈之者，断其舌。”由于皇弟爱育黎拔力八达的极力反对，才使这道圣旨未能发出。但在藏文史籍《红史》中，却明白地载有这一规定。

　　如八思巴的杨琏真加，曾任江南释教总统，将有五十万户农民（约二百五十万人）编为寺院的农奴。他任职期间，在元世祖默许下，发掘南宋诸帝陵寝，穷刨深掘后，盗尽南宋陵墓内的珍宝，然后把诸帝尸骨混在一起，又杂置牛马枯骨埋于地下，上筑一塔，名曰镇南塔。而且，藏密习俗，“得帝王骷髅，可以厌胜致富”，所以，南宋诸帝的头盖骨，均被杨“总统”挖出镶金嵌银当成洁器和酒器。在杭州任上，杨琏真加“受人献美女宝物无算，且攘夺盗取财物，计金一千七百两、银六千八百两、玉带九、玉器大小百十有一、杂宝贝五十有二、大珠五十两、钞一十一万六千二百锭、田二万三千亩，私庇平民不输公赋者二万三千户。”这些“罪状”，只是他贪渎的很小一部分，“所藏匿未露者不论也”。对此，元廷的处理也只是“籍其妻孥田亩”，抄家了事，没过多久就把杨琏真加放了。现在，杭州灵隐寺内那些山上不伦不类的石佛像，皆是当年他的杰作。

　　元代还有一个怪现象就是喇嘛公开地蓄妓纳妾。如《元史•星吉传》载：“有胡僧曰小住持者，服三品命，恃宠横甚，数以事凌轹官府，星吉命掩捕之，得妻女乐十有八人。”喇嘛所过之处，随从如云，强住汉人住宅，把男子逐走，留下妇女陪宿，如“泰定二年，西台御史李昌言：‘曾经平凉府、静、会、定西等州，见西番僧佩金字圆符，络绎道途，驰骑累百，传舍至不能容，则假馆民舍，因迫逐男子，奸污女妇。’”这当然是元代统治者崇信藏密，纵容番僧的结果。

　　公元1349年，帕竹噶举派的朗氏家族的绛曲坚赞，利用萨迦政权内部矛盾，推翻了萨迦派政权。绛曲坚赞掌握了西藏的统治权以后，继续拥护和执行元朝皇帝的法度，元顺帝赐给他大司徒的名号、诏书及玉印等，于是开始了帕竹噶举派对西藏的统治。