自公元1349年帕竹噶举派的绛曲坚赞推翻萨迦派的统治，建立帕木竹巴政权起，至公元1618年止，帕竹噶举派统治西藏共二百六十余年。

　　绛曲坚赞出生在朗氏家族，朗氏家族的势力很大，元初朝廷在西藏设立“十三万户”时，帕朗氏家族已经是一个万户（官职）了。绛曲坚赞生于公元1302年，9岁时出家为喇嘛，14岁时前往萨迦寺学法。20岁时，绛曲坚赞被任命为帕竹噶举派新的万户长。公元1349年，绛曲坚赞利用萨迦派的机会，打败了萨迦派，夺取了西藏的地方政权。

　　公元1359年，噶玛噶举派的黑帽系第四世活佛乳必多吉（公元1340～1383年）晋见元顺帝，乳必多吉路过青海宗喀地方时（今青海省湟中县），为藏密格鲁派（黄教）的创始人宗喀巴授居士戒，当时宗喀巴年仅三岁。乳必多吉抵达大都（今北京市）后，为元顺帝教授了不少密法。元顺帝后宫以荒淫着称的“演揲儿法”及丑事等，都与黑帽系第四世活佛名乳必多吉的密法传授有关(王辅仁、英《蒙藏民族关系史略》)。元顺帝时期，密法在宫廷传播，发生的君臣集体的事情，如《元史•哈麻传》记载：

　　“初，哈麻（元顺帝的宠臣）尝阴进西天僧（喇嘛）以运气术媚帝，帝习为之，号演‘揲儿法’。演揲儿——华言大喜乐也。哈麻之妹婿集贤学士秃鲁帖木儿，故有宠于帝，与老的沙、八郎、答剌马吉的、波迪哇儿祃等十人，俱号倚纳。秃鲁帖木儿性奸狡，帝爱之，言听计从，亦荐西蕃僧伽璘真于帝。其僧善秘密法，谓帝曰：‘陛下虽尊居万乘，富有四海，不过保有见世而已。人生能几何，当受此秘密大喜乐禅定。’帝又习之，其法亦名双修法。曰演揲儿，曰秘密，皆房中术也。帝乃诏以西天僧为司徒，西蕃僧为大元国师。其徒皆取良家女，或四人、或三人奉之，谓之供养。于是帝日从事于其法，广取女妇，惟淫戏是乐。又选采女为十六天魔舞。八郎者，帝诸弟，与其所谓倚纳者，皆在帝前相与亵狎，甚至男女裸处，号所处室曰：‘皆即兀该。’（皆即兀该）华言‘事事无碍’也。君臣宣淫，而群僧出入禁中，无所禁止，丑声秽行，着闻于外，虽市井之人，亦恶闻之。”

　　元顺帝随藏密喇嘛学习“演揲儿法”以后，“君臣宣淫”，得以“事事无碍”，加速了元朝的灭亡。为此后人还写了一首诗讽刺元顺帝：

　　公元1363年，蔡巴噶举派的贡噶多吉（1309～1364年）写作西藏史书《红史》，此外还为密宗的藏文大藏经《甘珠尔》（经部）编订了目录。

　　公元1368年，明朝取代元朝后，帕竹派归顺明朝。公元1372年，明朝皇帝明太祖朱元章封帕竹派的释迦坚赞为大司徒，世代管领吐蕃。帕竹政权传到第五代时候，由扎巴坚赞执政，这期间帕竹政权的权势达到鼎盛。

　　公元1406年，黑帽系第五世活佛得银协巴（1384～1415年，《明史》作哈立麻），应召来南京晋见明成祖，次年被封为“大宝法王”（此称号元世祖忽必烈曾封给八思巴），银协巴三人，均被封为大国师的封号。

　　明太祖洪武年间（1368—1398年）和明成祖永乐年间（1403—1424年），曾对元代以来宗教界的现象进行了一番整饬，整饬的主要对象是“西僧”（喇嘛）。由于元代喇嘛的人格形象极其污秽。他们离经叛道，不守清规戒律，声名狼籍，为世俗所不齿。《历代名臣奏议》卷67《治道门》引郑介夫奏议：“今国家财赋，半入西蕃（指吐蕃僧人）。”《明史•周广传》：“喇嘛尤释教所不齿，耳贯铜环，身衣储服，残破礼法，肆为淫邪。”《明史》卷330《西域二•西番诸卫》：“洪武初，太祖惩唐世吐蕃之乱，思制御之。唯因其俗尚，用僧徒化导为善，乃遣使招谕。”明内阁大臣梁储也说：“西僧之教，邪妄不经。我祖宗朝虽尝遣使，盖因天下初定，藉以化导愚顽，镇抚荒服，非信其教而崇奉之也。”但是明帝中也有信奉藏密者，如《明史》卷331“西域三•大慈法王”记载：明武宗尤崇喇嘛教，自号大庆法王，“好习番语，引入豹房，由是番僧复盛”，成为国家的一种灾难，“四方奸民投为，辄得食大官，每岁耗费矩万。”

　　西藏密教的教派，种类繁多，不同教派各霸一方，自我标榜，门户之见颇深，势不相容，政争与教争纠缠在一起，相互征战不休。明朝对西藏地区的统治，较元朝独尊萨迦派有所不同，明朝对西藏不同的教派，都予以尊崇，明朝还把僧俗官职纳入地方的管理体制中。一方面建立了一套完整的世袭土司制度，另一方面对高级喇嘛封赐各种尊号，形成一套僧官制度。明永乐时封噶举派哈立麻为“大宾法王”，封萨迦派昆泽思巴为“大乘法王”；宣德时封格鲁派创始人宗喀巴的大绛钦却杰为“大慈法王”。另外还封了“阐化王”、“赞善王”、“护教王”、“阐教王”、“辅教王”，通称“八王”。还封了两个“西天佛子”，九个“灌顶大国师”，十八个“灌顶国师”及若干个“国师”，“禅师”，“都纲”等僧官。明朝所封的这些“活佛”“法王”，部分采用轮回转世的方式，导致了西藏地区，“活佛法王”满街走的现状。尽管明初对西番僧的整顿曾带来“岁耗费矩万”的副作用，但却换来西藏地区的安定。然而，元始出现的胡乱加封法王等封号，导致到明朝加封愈演愈烈的结局，实际上表明所谓活佛本不是修行的表征，而是权力交易的产物。其实，所谓的转世并不稀奇，任何有情都在转世，而活佛的认定多为家族延续，只是和资产利益需要而圈定。

　　公元1409年，宗喀巴在拉萨大昭寺创建了“莫兰木”祈愿，正式打出了“格鲁派”的旗号。同年，该派在拉萨修建了第一座格鲁派寺院——甘丹寺。标志格鲁派成立。密宗格鲁派在前后藏，建造了四大寺庙——哲蚌、色拉、甘丹、扎什伦布，格鲁派开始兴起。公元1414年格鲁派喇嘛——释迦也失，受到明朝永乐皇帝邀请动身去京城，永乐皇帝接见了他，还封他为“大慈法王”。释迦也失给皇帝和大臣们传授了许多密法，并在汉地的五台山修建了6座寺院，这是汉地有喇嘛寺院之始。

　　在公元1434年的一次战乱中，帕竹政权的大臣的仁蚌巴诺布桑波（1403～1475年），乘机取得了卡桑珠孜等后藏地区的几个宗（县），帕竹政权开始走向衰落。此后，仁蚌巴表面上作出拥戴帕竹政权的姿态，实际上暗中扩大自己的势力。仁蚌巴诺尔布桑波有——根都桑波、措杰多吉、释迦坚赞等五个儿子。措杰多吉逐渐掌握了帕竹政权的实权，以帕竹政权的名义发号施令。措杰多吉信奉噶玛巴红帽系第四世活佛却扎意希和黑帽系第七世活佛却扎嘉措。随着格鲁派兴势力的扩大，引起了噶玛噶举派的恐慌与不满，噶玛噶举派遂对格鲁派的进行压制。于是，措杰多吉便宣布法令让泽当信奉格鲁派的僧人摘掉僧帽改戴红色僧帽，由此引发了格鲁派和噶玛噶举派的对立。

　　公元1481年，在噶玛噶举派的红帽系第四世活佛却扎意希（1453～1524年）的鼓动下，仁蚌巴根都桑波的儿子贡桑巴和顿月多吉，率领后藏的军队1万余人到了前藏，驱逐格鲁派的施主阿旺索南伦波和阿旺索南杰二人。公元1498年起，又禁止格鲁派的色拉、哲蚌、甘丹三大寺的僧人参加拉萨祈愿会，而改由拉萨附近的噶举派和萨迦派的寺院僧人参加。

　　公元1499年，帕竹政权再传到的第九任第悉阿旺扎西扎巴时，实际上仁蚌巴家族已经大致掌握了前后藏的统治权，帕竹政权仅剩下了一个名义。公元1503年，仁蚌巴家族的顿月多吉支持噶玛噶举红帽系，为了帮助红帽系压制格鲁派，在拉萨附近的萨纳玛地方兴建了一座号称压伏黄教色拉、哲蚌、甘丹三大寺的噶玛新寺图丹曲科尔寺，后来被愤怒的色拉寺和哲蚌寺的喇嘛捣毁。仁蚌巴家族因为在政务方面处置失当，逐渐被新兴的第悉藏巴家族击败，仁蚌巴家族短暂的统治时期宣告结束。

　　关于帕竹政权和仁蚌巴家族在这一时期的活动情况，历史资料记述的十分简略，总之，前后藏发生了多次严重的战乱，到1618年帕竹政权终于土崩瓦解了。