密宗格鲁派是藏密各派中最后形成的一个教派，它兴起于帕竹时期，得到过帕竹政权的大力支持。在帕竹政权的后期，其势力的迅速扩张，终于战胜第悉藏巴建立了统治西藏的地方政权。

　　格鲁派，因此派的喇嘛头戴黄帽，又称为黄教。格鲁派的创始人是宗喀巴。宗喀巴，公元1357年，出生于青海地区的宗喀地方，父亲是达鲁花赤鲁本格，母亲名叫辛萨阿却。宗喀巴3岁时，由噶玛噶举派黑帽系四世“活佛”乳必多吉授居士戒，7岁时，由顿珠仁钦任为他传授了沙弥戒，起法名罗桑扎巴，因为他是宗喀地方人，后被尊称为宗喀巴。17岁以后，宗喀巴来到藏地，随多位上师学法，46岁时，写了《菩提道次第广论》，48岁时写了《密宗道次第广论》，51岁时，写了《辨了义不了义论》，53岁时，创立了拉萨祈愿会，并建造了甘丹寺，甘丹寺的创立标志着格鲁派的正式兴起。公元1419年10月25日，宗喀巴去世。宗喀巴上师的有：贾曹杰、克珠杰、根敦珠等。

　　自元代给予喇嘛许多特权，使喇嘛阶层飞扬跋扈，为所欲为。他们占有大量财富，过着荒淫糜烂的生活，甚至借修持“密法”为名，霸占民女，残害农奴。藏密史籍也承认：“寺院僧侣，尽同俗装”，不习经典，“乱受灌顶”，“不知戒律为何事”。到14世纪后半期，喇嘛教整体已呈现“颓废萎靡之相”，在这种情况下，宗喀巴着手改革藏密，并成立格鲁派。宗喀巴的宗教改革，主张严守戒律，注重苦修，禁止僧侣娶妻生子，并对喇嘛修习男女双修等密法的资格作了严格的规定。因此，宗喀巴并不是对于密教教义的改革，只是在形式上进行变革。宗喀巴的改革使得藏密又得以延口残喘流传下来。

　　根敦珠（1391～1474年）是宗喀巴上师的重要之一，一生协助宗喀巴传播格鲁教法，并兴建了后藏地区最大的格鲁派寺院——扎什伦布寺。

　　公元1475年，根敦珠死后十一年，西藏达那地方一个11岁的男孩——根敦嘉措被认定为是根敦珠的转世灵童，家人把他送到扎什伦布寺。根敦嘉措在扎什伦布寺并没有得到重视，反而受到僧人们的冷淡和排挤，甚至有一些人不承认他是根敦主的转世灵童。在根敦嘉措二十岁时，因和寺院的另一个意希孜摩不和，便到拉萨哲蚌寺去学经。这是达赖转世系统与哲蚌寺发生联系的开端，从此历代达赖喇嘛都以哲蚌寺作为自己的母寺。根敦嘉措到哲蚌寺，是以一个学经僧人的身份去的，并不是的身份。后来由于黄教势力发展过快，受到了噶玛噶举派和第悉仁蚌巴的压制，黄教迫切需要有统一的领袖，以凝聚本派的力量；另一方面，黄教的喇嘛出家以后，不能娶妻生子，故也需要借助“活佛”转世的形式传递教权，在这样的情况下根敦嘉措才被重视起来。根敦嘉措曾到藏地不少地方云游传法，扩大了格鲁派影响。

　　公元1542年，根敦嘉措死后，哲蚌寺正式寻找他的转世灵童，并于1544年认定了堆垅地方的一个贵族的幼童为根敦嘉措的转世灵童。1546年灵童被迎接到哲蚌寺，让他接替根敦嘉措的法位，并给他取名索南嘉措，称他为“活佛”。这是黄教采用活佛转世制度的正式开端。索南嘉措作为黄教领袖的地位比根敦嘉措要稳固得多。这一时期，由于第悉仁蚌巴和噶玛噶举派一直压制格鲁派，格鲁派所依靠的帕竹家族，也已分崩离析，不能再给黄教以强有力的保护和支持。因此，黄教要想求得继续发展，就必须再找强大的盟友和靠山。

　　元朝的统治被推翻以后，塞北的蒙古族成若干部，其中土默特部、和硕特部比较强大。土默特部的汗王俺答汗是成吉思汗的第十七世孙。公元1559年俺答汗率部驻牧于青海湖一带。1576年，俺答汗派人到西藏邀请索南嘉措来青海传法。索南嘉措到达后，和俺答汗结成联盟，俺答汗赠送给索南嘉措——“达赖喇嘛瓦齐尔达喇”的称号，“达赖”，蒙语为“大海”的意思，喇嘛，为藏语“大师”的意思，这是“达赖喇嘛”名号之始。索南嘉措再追封根顿珠、根顿嘉措为一世、二世达赖喇嘛，于是索南嘉措成了第三世达赖喇嘛。1588年明神宗派遣使者前来，封给索南嘉措“灌顶国师”的称号，并邀请他到首都北京去。他接受了邀请，还没有成行，就去世了，终年46岁。

　　达赖喇嘛四世——云丹嘉措，公元1589年，出生在蒙古地方，是俺答汗的孙子。格鲁派之所以以蒙古俺答汗的孙子为三世达赖喇嘛的转世，主要是想借助蒙古土默特部的势力。公元1603年，14岁的云丹嘉措到达西藏，成为哲蚌寺的法台。因为痛恨执政的第悉藏巴彭错南杰支持噶玛派格鲁派，云丹嘉措便在甲职强钦波（大咒师）的灵塔跟前，呼叫第悉藏巴和臣僚们的名字进行诅咒。1616年明朝派人进藏，在拉萨封云丹嘉措为“普持金刚佛”，并邀请他进京朝见。云丹嘉措答应进京。但是云丹嘉措未能成行，就于当年年底在哲蚌寺去世（据说是被第悉藏巴彭错南杰派人暗害的），终年28岁。

　　四世达赖喇嘛去世的时候，正是第悉藏巴政权强盛的时期，第悉藏巴噶玛丹迥旺波，支持噶玛噶举派，对格鲁派进行，同时，第悉藏巴又逐步将拉萨附近的领地纳入自己治下。

　　格鲁派的施主吉雪巴，便以观音菩萨像作为礼品，请蒙古喀尔喀部的首领曲科尔兄弟发兵攻打第悉藏巴。公元1617年年底，蒙古的大批军队和喀尔喀曲科尔的一些香客到达，格鲁派和蒙古民众都趁此发动反击战斗，一起攻打了驻扎在拉萨的第悉藏巴的军队。第悉藏巴随后调集前后藏的大军加入战斗。此时蒙古军队因受到离间，返回了自己家乡，格鲁派军队战败。哲蚌寺和色拉寺的数千僧人被杀，第悉藏巴下令禁止寻找四世达赖喇嘛的转世灵童。在达垅寺住持的调停下，在哲蚌寺和色拉寺的许多庄园和属民被第悉藏巴没收，并要向第悉藏巴缴纳罚金的条件下，第悉藏巴同意格鲁派僧人返回哲蚌寺和色拉寺。色拉寺、哲蚌寺因受到战火破坏，两寺大经堂的门、窗都严重破损，挡不住狗和小偷进入。这是格鲁派的一次法难。

　　1618年，格鲁派的强佐索南饶丹，前往青海土默特部请求支持。1621年，佐索南饶丹领来盘踞在青海的蒙古土默特部拉尊穷哇的军队，在拉萨大败第悉藏巴的军队，当时哲蚌寺的法主罗桑确吉坚赞出面调停，第悉藏巴同意归还被没收的庄园和属民，并准许四世达赖喇嘛转世。

　　公元1617年，四世达赖喇嘛的“转世灵童”，出生在琼结巴家族，1622年，当灵童长到6岁时，罗桑确吉坚赞率三大寺僧众将迎请到拉萨哲蚌寺坐床，这个幼童就是五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措。

　　格鲁派法难以后，第悉藏巴政权还很强大，格鲁派和第悉藏巴、噶玛噶举派之间矛盾日深，格鲁派为了自己的生存不得不再次向外谋求援助。当时，盘踞在北方新疆地区和硕特部的首领固始汗势力很大，他对格鲁派也持友好态度。因此，五世达赖喇嘛遣使向固始汗求助。公元1639年，固始汗自青海调动大军入藏，进攻第悉藏巴。1642年，蒙古军队攻破桑珠孜（今日喀则），俘获第悉藏巴，不久处死，第悉藏巴政权结束。

　　战斗结束以后，固始汗并没有离开西藏，也不是像喇嘛教所美化的一样——固始汗将前后藏献给五世达赖喇嘛，而是自己掌握了西藏的统治权。固始汗原来是以黄教的施主身份出现的，现在却把整个藏区囊括在他的统治之下了。

　　1644年，清军入关消息传到拉萨，固始汗、五世达赖、罗桑确吉坚赞等人遣使到北京祝贺清朝顺治皇帝登上皇位。1645年，五世达赖喇嘛扩建布达拉白宫。同年固始汗为了削弱五世达赖的权利，封宗喀巴的四传——罗桑确吉坚赞为“班禅博克多”，并把日喀则周围的土地划归四世班禅管辖，以削弱五世达赖的势力。罗桑确吉坚赞再追认克珠杰为第一世班禅、索南乔朗为第二世、洛桑顿珠为第三世，罗桑确吉坚赞便是第四世班禅。这就是班禅传承系统的由来。在西藏达赖被公认为是“观音菩萨”转世再来，班禅是“阿弥陀佛”转世再来。

　　1652年，五世达赖喇嘛率众前往北京晋见清朝顺治皇帝。顺治帝封达赖五世为——“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。清朝在册封五世达赖的时候，又派专人进藏封固始汗为“尊行文义敏慧固始汗”，封册上还有两句话：“作朕屏障，辑乃封圻”。这说明清朝是把固始汗封为有封地有权力的“汗王”的，而对五世达赖只是封为西藏喇嘛教的领袖。可见在十七世纪中叶时，黄教尚未掌政，这是不容篡改的历史事实。固始汗只留意于和军事二端，却将西藏全区的经济权拱手奉献给五世达赖，致使黄教势力迅速发展，尾大不调。

　　以五世达赖为首的黄教寺院势力，不仅从固始汗手中取得西藏地区的赋税支配权，而且还取得封赐土地的权力。如公元1644年（藏历阳木猴年）：藏密自封的观世音菩萨的化身——达赖五世给贵族拉日孜巴的农奴所下的命令：“拉日孜的百姓听令：你们不服拉日孜巴的管束，打算另投新的领主，这纯属反叛思想，为法律所不容。如果你们胆敢贪图自由、逸乐，我特授予拉日孜巴对你们施行打、砍、杀的权力。”：五世达赖这条律令的原文至今仍保留在藏文档案馆内。

　　公元1654年，一六五四年年底固始汗病死在拉萨，由其子达延汗继承汗位，主持西藏政务。固始汗死后，和硕特部和黄教的联盟由于共同的敌对势力的被消除而逐渐瓦解，而且由于争夺西藏地区的统治产生了矛盾和摩擦，它们都在为排挤掉对方以便独掌西藏的政权而加紧准备。1668年达延汗病死，其子达赖汗继位（藏文史籍中称达赖汗是达延汗之弟）。

　　五世达赖喇嘛死时，黄教内部由“大活佛”第悉•桑结嘉措掌权，为了巩固自己的权势，桑结嘉措对达赖之死密不发丧达十五年之久。其间，桑结嘉措向清帝要求封“王”，以便和达赖汗分庭抗礼，清康熙帝只好封他为“执金刚持达赖喇嘛教弘宣佛法王”，仅仅是“法王”，没有世俗的王权。同时，桑结嘉措利用与新疆的蒙古准噶尔部汗王噶尔丹早年相识的关系，加强与准噶尔部的联系，企图利用准噶尔部的力量驱逐和硕特蒙古汗王的势力出西藏。后来，清朝康熙帝得悉五世达赖已死多年的消息，便致书桑结嘉措，严厉责问。桑结嘉措接到信后，摄于清政府的威力，对外宣布五世达赖死亡的事实，同时迎五世达赖的“转世灵童”坐床。

　　达赖喇嘛六世——仓央嘉措，1683年出生在错那地区。仓央嘉措在错那的十几年中，备尝艰辛。后世有一种流行的说法是，仓央嘉措在故乡生活时，随母亲一起劳动，并和年轻姑娘谈情说爱。公元1697年，仓央嘉措在布达拉宫举行了坐床典礼。

　　仓央嘉措成长的时代，正是西藏动荡内外各种矛盾接连不断地开始出现之际。第悉桑结嘉措对第五世达赖喇嘛的死亡进行了长期保密，这引起了清朝康熙帝的不满。在西藏内部，由于第悉桑结嘉措独断专行，长期“匿丧”，身穿袈裟而又公开蓄养“主母”等行为，招致哲蚌寺、色拉寺部分首脑表现出不满情绪等等。各种矛盾错综复杂，仓央嘉措感到“失望，学习也无益处”，遂变得懒散起来，且喜好游乐，放荡不羁。在第五世班禅的传记里说：“休说他（仓央嘉措）受比丘戒，就连原先受的出家戒也无法阻挡地抛弃了。最后，以我为首的众人皆请求其不要换穿俗人服装，以近事男戒而受比丘戒，再转。但是，终无效应，只得将经过情形详细呈报第悉。仓央嘉措在扎什伦布寺居17日后返回拉萨。”自那以后，仓央嘉措便穿起俗人衣服，任意而为。白天在龙王潭箭、饮酒、唱歌，恣意嬉戏。还到拉萨近郊去游玩，与年轻女子寻欢作乐，放弃了戒行。

　　公元1701达赖汗死，其子拉藏汗继位。拉藏汗不断向清廷汇报桑结嘉措勾结准噶尔的情况和六世达赖的丑行，加深了清廷对桑结嘉措的猜忌。1703年，拉藏汗和桑结嘉措的部下在拉萨正月祈愿上发生冲突，桑结嘉措集合兵力，迫使拉藏汗退出西藏。双方矛盾激化，兵戎相见。公元1705年第悉桑结嘉措兵败被杀。拉藏汗掌握大权以后，派使者赴京师说桑结嘉措勾结准噶尔人准备反叛朝廷，还说桑结嘉措所立的仓央嘉措终日沉湎于酒色，不守清规，不是五世达赖的转世灵童，请予废立。康熙帝即派侍郎赫寿等人赴藏，敕封拉藏汗为“翊法恭顺汗”，赐金印一颗，同时废除仓央嘉措六世达赖喇嘛的封号，“执献京师”。1706年，仓央嘉措死在“解送”北京的途中，时年25岁。其后，拉藏汗将自己的私生子定为六世达赖喇嘛，取名益西嘉措。益西嘉措生于公元1686年，1707年二月，益西嘉措得到了清康熙皇帝的承认，并赐赐金印一颗，印文为“敕赐第六世达赖喇嘛之印”，并由班禅五世主持，为益西嘉措举行了坐床仪式。益西嘉措在位11年，但是，西藏僧俗群众皆不承认他是五世达赖喇嘛的转世灵童。为了稳定西藏的混乱局面，康熙帝于公元1713年册封第五世班禅洛桑益西为“班禅额尔德尼”，赐金册、金印。命他协助拉藏汗管理好西藏地方事务。从此，历代班禅的“额尔德尼”名号便确定下来。

　　公元1708年7月，四川理塘寺所属的洛雪村出生了一个男孩格桑嘉措，理塘寺的喇嘛便借“神”附体说格桑嘉措是六世达赖喇嘛仓央嘉措的转世灵童，根据是仓央嘉措生前曾作过的一首诗：“洁白的仙鹤，请把双羽借我；不到远处去飞，只到理塘便回。”这个消息不久传遍了卫藏，信众也就认为他是六世达赖的转世灵童。格桑嘉措8岁的时候，在理塘寺出家。次年（1716年）青海蒙古僧众将格桑嘉措迎请至塔尔寺。

　　公元1716年，盘踞在新疆伊犁的卫拉特蒙古准噶尔部的汗王——策妄阿拉布坦派兵，以驱逐拉藏汗所立的六世达赖益西嘉措，迎请格桑嘉措回藏为名，侵入西藏。1717年，准噶尔兵和黄教的僧俗里应外合，攻入拉萨，拉藏汗兵败被杀。蒙古和硕特部前后在西藏共统治了75年之久。准噶尔部攻占拉萨后，烧杀抢掠，无所不为，拉萨城遭受到一场空前的洗劫。这让欢迎准噶尔军的黄教僧俗大为失望。

　　1718年秋，清康熙帝派兵入藏，这是清朝建国以来第一次在西藏用兵。清廷之所以重视西藏，因为西藏是中国的边疆，如果西藏边疆不保，势必会影响内地的安定。更主要的是，清朝扶持黄教以安定蒙古诸部，古人民笃信喇嘛教，西藏的上层和关系密切，保持西藏的安定，可以间接控制蒙古。如清嘉庆年间时，礼亲王昭梿曾说：“国家宠幸黄教，并非崇奉其教以祈福也。只从蒙古诸部敬信黄教已久，故以神道设教，藉使诚心归附，以障藩离。”因此，康熙帝不惜代价出兵西藏。1720年以皇十四子允禵为首的清军，击溃了准噶尔部。同时，清康熙帝降旨，封格桑嘉措为“六世达赖喇嘛”，并护送他来到拉萨坐床。公元1724年，在西藏政要的请求下，又将格桑嘉措改为七世达赖喇嘛。

　　1721年春，清朝决定废除独揽大权的第悉一职，设置阿尔布巴、颇罗鼐等五名噶伦负责西藏地方的政务。噶伦五人分别以阿尔布巴、颇罗鼐为首形成两党，展开了一场争夺权势的斗争。1722年冬，清康熙帝去世，雍正皇帝即位，清朝从藏撤走驻军。1727年阿尔布巴发动“卫藏战争”，后被颇罗鼐击败。1728年清朝派僧格、马喇为住藏大臣，同时驻兵1000名。颇罗鼐得到清朝的信任，后被封为郡王，掌管全藏事务。1747年，颇罗鼐去世后；其次子珠尔默特那木扎勒与达赖七世的矛盾激化，密谋叛乱。1750年住藏大臣傅清、拉布敦诱杀珠尔默特，二人也被珠尔默特的余党杀害。七世达赖组织兵力迅速平息了叛乱。

　　1751年清乾隆皇帝制定《酌定西藏善后章程》十三条，命七世达赖喇嘛格桑嘉措掌管西藏政教大权，成立噶厦政府。噶厦政府下设立4名噶伦，具体处理行政事务，噶厦政府受达赖喇嘛和驻藏大臣共同领导。七世达赖喇嘛在44岁的时候，终于亲政了。至此，黄教总算名副其实地掌握了西藏地方的政教大权。

　　1757年七世达赖喇嘛去世，终年49岁。清朝委任丹吉林寺第穆呼图克图摄理西藏政教事务。从此确立了西藏地方政府在达赖喇嘛死后及未满18岁前，由摄政总管政教事务的制度。

　　达赖喇嘛八世——强白嘉措，生于1758年6月，1761年被迎请到扎什伦布寺。在八世达赖喇嘛执政期间，曾发生一起噶玛噶举派红帽系第十世活佛却朱嘉措勾结廓尔喀兵入侵后藏的事件。却朱嘉措，是六世班禅贝丹意希（1738～1780年）的同母异父兄，六世班禅的另一个哥哥是仲巴呼图克图，却朱嘉措的侄女是当时香巴噶举派桑定寺的女“活佛”多吉帕姆。1780年，乾隆皇帝七十大寿时，六世班禅专程赶到北京贺寿，当年病死在北京。王公大臣馈赠给班禅很多财物，价值数十万两白银。仲巴呼图克图当时担任扎什伦布寺的总管，他借口教派不同，不愿将这笔钱财分给却朱嘉错，想全部据为己有。却朱嘉措对此愤愤不平。于是，他逃到尼泊尔勾引廓尔喀统治者发兵侵入后藏，抢劫扎什伦布寺的财宝。当清朝派遣大军进藏驱逐廓尔喀侵略军时，却朱嘉措畏罪。清朝大将军福康安命令廓尔喀王归还却朱嘉措的尸骨，作为停止战争的条件。后来乾隆帝命令把却朱嘉错的尸骨分别挂在前后藏及康区的各大寺院，以为叛国者戒，并把以羊八井寺为首的红帽系寺院和所属的土地、牧场、农牧奴全部查抄归公；羊八井等寺的红帽系僧人一律勒令改宗黄教；禁止红帽系活佛转世，噶玛噶举派红帽系从此断绝。

　　1792年﹐乾隆皇帝为了杜绝在确认“活佛转世”时候存在的种种舞弊行为，在《钦定二十九条章程》第一条立下了金瓶掣签制度。规定凡是“大活佛”的转世灵童，在最后确认的时候，要用金瓶抽签确定。1805年八世达赖强白嘉措去世，终年24岁。由达察丹贝贡波摄理政教事务。

　　达赖喇嘛九世——隆朵嘉措，1805年12月出生，1808年9月，隆朵嘉措在布达拉宫坐床。1815年，隆朵嘉措，突患食道疾病，2月14日死亡，终年11岁。

　　达赖喇嘛十世——楚臣嘉措，生于1816年，1822年被认定为转世灵童。1837年7月20起，十世达赖喇嘛身体略感不适，9月1日去世，终年22岁。

　　达赖喇嘛十一世——克珠嘉措，生于公元1838年。当时找到的3名灵童，1841年5月，在布达拉宫举行金瓶摇签，结果克珠嘉措被抽中，1842年克珠嘉措在布达拉宫坐床，公元1855年，克珠嘉措亲政不久，身体感到不适。清朝驻藏大臣探望达赖喇嘛的病情，克珠嘉措单独会见了驻藏大臣，并详细讲了自己的病情。不久，克珠嘉措去世，年仅18岁。

　　达赖喇嘛十二世——赤列嘉措，于公元1856年，出生在西藏山东的地方，赤列嘉措1858年经金瓶掣签被认为是转世灵童。1860年，赤列嘉措在布达拉宫坐床。1873年，赤列嘉措开始掌管西藏政务。同年3月4日起，达赖喇嘛身患寒病，虽服药治疗，并举行了祈祷健康长寿的法事，但病情不见好转。3月20日，十二世达赖喇嘛在布达拉宫去世，年仅20岁。